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信息孤島問題：各糧食局和分支機構之間沒有形成統一的標準。數據之間沒有流通，存在信息孤島問題，同時原有的數據治理體系與技術達不到現階段對糧食安全信息化的業務需求，出現業務管理水平低、數據管理力度弱等突出問題。

海量數據存儲問題：基于原有的糧食數據系統，在進行數據交換過程中缺乏海量數據抽取、分析和處理能力，糧食流通行業基礎數據庫、上市主體數據庫等數據庫中的數據不夠精確、無法存儲全量數據，不能給數據共享部分與分析中心提供優質數據。

缺乏海量數據作為數據分析依據，當前的可視化技術圖形化展示系統的手段比較單一，無法幫助管理者了解、把握全國、全省糧食庫存情況。隨著糧食產品、糧食交通、氣象等數據容量和復雜性的與日俱增，大數據可視化的需求越來越大，現階段的系統可視化平臺達不到視頻展示、分析的精確要求。尤其在GIS領域，基于傳統系統的可視化手段數據分析不準確，不能實現從秘密麻麻、錯綜復雜的數據挖掘信息，無法使管理者對數據的空間分布模式、趨勢、相關性和統計信息一目了然，影響決策的正確性。

架構存在局限性，基于原有的系統與技術已經不具備實現對糧食產量數據進行精準預測，以及糧食流通環節精準匹配，造成誤判。影響對于物流調運、倉庫配備、加工生產、銷售出口等糧食流通領域的宏觀調控和管理決策。